In Finnland, Norwegen und Schweden besteht ein geringes Risiko, in Albanien, Griechenland, Italien, ehemaliges Jugoslawien, der Tschechischen Republik, Ungarn, Österreich, Slowenien, Kroatien, Polen, der Schweiz und Deutschland kommt sie in ausgewiesenen Endemiegebieten saisonal von März bis Oktober  vor. In den baltischen Staaten erhöhtes Risiko. 

Die Inkubationszeit beträgt 3 bis 28 Tage (meist ca. 10 Tage).

Der Krankheitsverlauf zeigt meist zwei Phasen. Wenige Tage bis 4 Wochen nach Infektion kommt es zuerst zu grippeähnlichen Symptomen mit anschließendem Fieber.

Bei etwa 10 Prozent der Infizierten kommt es nach einem kurzen Zeitraum ohne Beschwerden zu einer zweiten Krankheitsphase. In dieser kommt es zu einer Beteiligung des Nervensystemes. Erneut treten heftige Kopf- und Gliederschmerzen sowie ein starkes Krankheitsgefühl auf. Bei etwa der Hälfte der Betroffenen zeigen sich Symptome für eine Hirnhautentzündung (Meningitis). Bei etwa über einem Drittel auch Anzeichen für eine Beteiligung des Gehirnes  selbst. 

Eine ursächliche Therapie gibt es nicht. Die Therapie ist rein symptomatisch.

Gegen die FSME kann man sich durch eine Impfung schützen. Gefährdete Gebiete (ausgewiesene Endemiegebiete, Wald- und Buschregionen) sollte man meiden.